Chargé-e de recherche en reprogrammation du métabolisme microbien chez INRAE Occitanie-Toulouse

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Présentation d’INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche rassemblant une communauté de 12 000 personnes, réparties dans 272 unités de recherche, de service et d’expérimentation implantées sur 18 centres sur toute la France.

Institut de recherche finalisée, il est le premier organisme de recherche mondial spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimentation-environnement ». INRAE a pour ambition d’être un acteur clé des transitions nécessaires pour répondre aux grands enjeux mondiaux.

Face à l’augmentation de la population et au défi de la sécurité alimentaire, au dérèglement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, l’institut a un rôle majeur pour construire des solutions et accompagner la nécessaire accélération des transitions agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l’unité mixte de recherche Toulouse Biotechnology Institute (TBI), un institut de renommée internationale basé à Toulouse, qui regroupe plus de 300 personnes. TBI se distingue par ses recherches de pointe, alliant science fondamentale et appliquée dans le domaine des biotechnologies. Au sein de TBI, vous intégrerez l’équipe METASYS, une équipe pluridisciplinaire spécialisée dans l’étude et la modification du métabolisme microbien et de ses mécanismes de régulation. L’objectif principal de METASYS est de mieux comprendre les processus métaboliques complexes tout en ouvrant la voie à des innovations biotechnologiques utiles à l’industrie et à la société.

Pour atteindre cet objectif, METASYS adopte une démarche intégrée incluant :

• (1) la biologie des systèmes, combinant des méthodes in silico (reconstruction et modélisation des réseaux métaboliques) et expérimentales (transcriptomique, métabolomique, fluxomique), afin de comprendre et prédire le comportement des souches microbiennes, qu’elles soient naturelles ou synthétiques
• et (2) la biologie synthétique, reposant sur l’édition génomique et l’évolution dirigée, pour concevoir, intégrer et optimiser de nouvelles fonctionnalités métaboliques et/ou régulatrices dans des microorganismes.

L’une des thématiques majeures de l’équipe METASYS porte sur l’ingénierie du métabolisme microbien pour permettre une croissance sur des substrats non natifs, et plus particulièrement des matières premières dérivées du CO2, qui représentent des ressources biotechnologiques prometteuses pour répondre aux enjeux climatiques actuels. En tant que futur-e recruté-e, vous viendrez renforcer cette thématique stratégique.

Votre projet de recherche se concentrera sur l’établissement de la méthylotrophie (c.-à-d. la capacité à métaboliser le méthanol) chez la bactérie Escherichia coli, un défi métabolique complexe et ambitieux. Votre mission consistera à obtenir une compréhension approfondie des mécanismes nécessaires à la croissance sur méthanol chez les méthylotrophes naturels et à exploiter ces connaissances pour développer des usines cellulaires microbiennes capables de convertir le méthanol en produits d’intérêt pour la société.

Vous jouerez un rôle clé dans la conception et l’exécution d’expériences innovantes, appliquant les principes de la biologie des systèmes pour identifier les briques métaboliques essentielles à la méthylotrophie. Vous utiliserez ensuite la biologie synthétique pour assembler ces briques en réseaux métaboliques fonctionnels, permettant ainsi à E. coli de croître sur ce substrat non natif. Cette approche vous offrira l’opportunité de générer des connaissances fondamentales inédites sur les métabolismes naturels et synthétiques, ainsi que sur leurs régulations. En parallèle, vous participerez activement à la création d’une bioéconomie durable basée sur le méthanol, en transformant cette ressource en solutions concrètes pour répondre aux défis environnementaux actuels.

Pour mener à bien votre mission, vous bénéficierez d’un environnement dynamique et multidisciplinaire. En plus de l’expertise scientifique de l’équipe METASYS, vous profiterez des compétences techniques des personnels des plateformes spécialisées en analyses omiques, ainsi que du savoir-faire des équipes de recherche de TBI dans des domaines clés comme le cell-free, l’ingénierie enzymatique, le génie des procédés, et l’écoconception.

Vous aurez accès aux technologies essentielles pour l’avancement de vos travaux, disponibles au sein du TBI, notamment la RT-PCR, les puces à ADN et ARN, la spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS), la RMN, la modélisation, ainsi que des robots de culture et de préparation d’échantillons. Pour le démarrage de vos travaux, vous bénéficierez d’un soutien financier déjà alloué dans le cadre des projets en cours de l’équipe, complété par une aide de l’INRAE.

De plus, vous pourrez vous appuyer sur un vaste réseau de collaborateurs spécialisés en méthylotrophie, établi par METASYS, incluant des partenaires prestigieux tels que l’ETH Zürich, l’Université de BOKU et l’Université Autonome de Barcelone. Enfin, vous serez pleinement intégré-e aux animations scientifiques organisées par l’équipe, l’unité TBI et l’INRAE, favorisant l’échange et la collaboration au sein de cet écosystème de recherche.

Le poste de chargé-e de recherche nécessitera de travailler en zone à régime restreint (ZRR) nécessitant une demande d’autorisation d’accès.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d’un doctorat (ou équivalent). Un doctorat en biologie synthétique, biologie des systèmes, microbiologie, biotechnologie ou dans une discipline équivalente est souhaité.

Des connaissances théoriques et pratiques en techniques de biologie moléculaire telles que le clonage et la modification génétique chez les microorganismes, ainsi qu’une compréhension approfondie du métabolisme microbien, sont indispensables. Une expérience avérée dans l’introduction de nouvelles voies métaboliques chez les microorganismes constituerait un atout majeur.

De plus, bien que non indispensable (formation possible en interne), une familiarité avec l’un ou plusieurs des domaines suivants serait appréciée : les analyses omiques (transcriptomique, métabolomique et/ou fluxomique), la chimie analytique (HPLC, LC-MS, RMN), ou la modélisation métabolique.

La maitrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Découvrez votre futur poste en vidéo !

Votre qualité de vie à INRAE

En Rejoignant INRAE, Vous Bénéficiez

• de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

• Je télécharge le guide Guide des candidats CRCN 2025 pdf – 3.72 MB
• Je note le numéro du profil CR-2025-MICA-3
• Je m’inscris Inscription

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr