Chercheur-e postdoctoral sur le développement de stratégies d’amélioration à bon rapport coût-efficacité pour la conservation optimale à long terme de la diversité génétique chez INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) dans l’unité de recherche BioForA (« Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt »). Cette unité du centre INRAE Val de Loire à Orléans travaille sur la valorisation des ressources génétiques forestières de différentes espèces d’arbres pour une production durable de bois dans un contexte climatique changeant. Nous utilisons différentes approches en physiologie et génomique fonctionnelle, en génétique quantitative et des populations, en méthodologie de la sélection et de conservation. Notre objectif est d’élucider certaines des complexités des fonctions essentielles des arbres (production de bois, reproduction ou développement des racines) dans leur adaptation à l’environnement et leur relation avec la capacité de production, et d’utiliser ces connaissances pour améliorer la diversité génétique disponible dans les pools génétiques in situ et ex situ. L’unité est impliquée dans un certain nombre de projets et de missions de collaboration avec des agences gouvernementales pour la gestion et la production de matériel forestier de reproduction.

Vous travaillerez en parallèle sur deux projets de recherche en cours dans notre laboratoire, avec des profils complémentaires. Le premier est un projet collaboratif H2020 (2022-2027, « Harnessing forest genetic resources for increasing options in the face of environmental and societal Challenges », https://www.optforests.eu/). Le second est un projet français de recherche appliquée (2020-2026, Douglas-Avenir : « Évaluation d’une population d’amélioration du Douglas et propositions de nouveaux vergers à graines »).

Dans le cadre du projet collaboratif H2020, vous serez en charge de comparer à l’aide de simulations différentes stratégies de gestion de la diversité génétique et du gain génétique dans le contexte de la sélection artificielle qui sont opérationnellement simples, rapides à mettre en œuvre et peu coûteuses. Ces stratégies s’inspireront de différentes typologies correspondant à différentes espèces et à leurs contextes démo-génétiques, écologiques, environnementaux et économiques. La définition de ces typologies sera réalisée en collaboration avec plusieurs partenaires européens impliqués dans le projet, à partir des données et de l’expérience de leurs espèces et programmes respectifs. Ces stratégies seront comparées à une stratégie de référence basée sur une gestion optimale de la diversité et du gain génétique pour une efficacité maximale à court et long terme. Vous utiliserez les outils et codes de simulation déjà disponibles dans notre laboratoire (scripts utilisant AlphaSimR et MoBPS), que vous pourrez améliorer avec de nouveaux développements. Ces outils utilisent des génomes virtuels avec un nombre fini de loci et un ensemble d’hypothèses sur les architectures génétiques sous-jacentes aux caractères d’intérêt.

Dans le cadre du projet sur le douglas, vous serez chargé de plusieurs analyses génétiques quantitatives pour l’évaluation du matériel forestier de reproduction, de l’utilisation de l’information génomique (50K SNP) en combinaison avec les modèles génétiques quantitatifs susmentionnés, et de l’application des connaissances acquises dans le cadre du projet collaboratif H2020 sur la gestion optimale de la diversité aux conditions pratiques de la sélection forestière.

Les résultats de ces travaux de simulation et d’application feront l’objet de plusieurs publications scientifiques, au moins une générale et une pour chaque type d’étude de cas, pour le projet collaboratif, et au moins une autre concernant le programme Douglas.

La durée proposée est de 24 mois et la date de démarrage peut être immédiate ou négociable jusqu’à début 2025.

Travail à Orléans (45, Loiret), principalement en postes informatiques. Accès facile au laboratoire par les transports en commun (tramway et bus). Déplacements professionnels en France et en Europe pour des réunions et des ateliers.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

• Doctorat, avec une formation recommandée en génétique, en génétique quantitative ou en génétique des populations, en analyse de données et en modélisation appliquées à la biologie.
• Autres connaissances souhaitables : sélection végétale, amélioration génétique, programmation et modélisation en R, bioinformatique et connaissance de l’environnement Linux et des grappes de calcul.
• Bonne maîtrise de l’anglais écrit et parlé

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

• jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective.

Modalités pour postuler

J’envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr