Chargé-e de recherche en dynamique des flux microbiens chez INRAE Occitanie-Toulouse

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Présentation d’INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche rassemblant une communauté de 12 000 personnes, réparties dans 272 unités de recherche, de service et d’expérimentation implantées sur 18 centres sur toute la France.

Institut de recherche finalisée, il est le premier organisme de recherche mondial spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimentation-environnement ». INRAE a pour ambition d’être un acteur clé des transitions nécessaires pour répondre aux grands enjeux mondiaux.

Face à l’augmentation de la population et au défi de la sécurité alimentaire, au dérèglement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, l’institut a un rôle majeur pour construire des solutions et accompagner la nécessaire accélération des transitions agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité de chercheur permanent dans l’Unité Mixte de Recherche SQPOV (Sécurité et Qualité des Produits d’Origine Végétale) (https://www6.paca.inrae.fr/sqpov) co-pilotée par les départements TRANSFORM & MICA d’INRAE. Les recherches développées s’intéressent à la conception de procédés de transformation ou d’extraction appliqués aux matrices végétales, dans un contexte de transition alimentaire et d’alimentation durable et visent la maîtrise de la qualité des aliments dans leurs dimensions nutritionnelle, organoleptique et sanitaire, tout en considérant la réduction de leur impact environnemental.

Cette unité comprend 47 agents titulaires d’INRAE et Avignon Université (22 chercheurs et enseignants-chercheurs, 13 ingénieurs, 12 techniciens/administratifs) et accueille en moyenne une quinzaine de doctorants et post-doctorants. L’unité est structurée en 3 équipes de recherche (Green, Qualim et SporAlim) et dispose d’une plateforme analytique de pointe. En tant que chercheur-e, vous rejoindrez l’équipe SporAlim dont la thématique porte sur l’analyse de la diversité des flores sporulées et la compréhension de leur adaptation aux facteurs biotiques et abiotiques rencontrés dans la chaine de production des aliments.

Vos travaux de recherche s’inscriront dans un contexte de sécurité sanitaire des productions d’origine végétale, actuellement questionné par l’émergence de nouvelles pratiques alimentaires et de productions agricoles associées au changement climatique ou encore aux transitions énergétiques. La diversité/complexité des flores microbiennes, et en particulier des bactéries sporulées, varie tout au long de la chaîne de production des aliments (de l’environnement jusqu’au produit fini) et en fonction des procédés de transformation et de conservation appliqués avant consommation du produit. Les spores qu’elles produisent leur confèrent une très grande résistance aux traitements appliqués dans la chaîne des aliments. Pour une meilleure maitrise de ces flores, il est important d’étudier l’impact des matrices alimentaires et des procédés de transformation qui peuvent, soit sélectionner les bactéries sporulées comme flore majoritaire/unique, soit les mettre en interaction avec la flore endogène de la matière première ou de l’aliment transformé lors de procédés de transformation plus modérés, tels les procédés de biopréservation, par exemple. La compréhension des évolutions des communautés microbiennes est nécessaire à la préservation des aliments et la durabilité des filières.

Vous serez amené-e, à étudier, par approches -omiques, la composition et la dynamique des populations microbiennes aux différentes étapes-clés de la transformation de la matière végétale, en prenant en compte les conditions culturales pouvant amener un enrichissement en flores sporulées, la diversité des matières premières, des procédés de transformation et/ou des opérations unitaires permettant de moduler la complexité des flores au cours de la transformation ou lors de la distribution. La variabilité spatiale et temporelle des communautés sera étudiée et pour les flores sporulées, les niches et les conditions propices à la sporulation seront recherchées car elles déterminent la structure et les propriétés des spores.

Pour mener à bien vos études, vous vous appuierez sur l’expertise de l’équipe en écologie, génétique et physiologie des bactéries sporulées et serez amené-e à interagir avec des chercheurs de l’équipe Qualim qui étudient l’impact des transformations sur la qualité nutritionnelle et organoleptique des produits à base de fruits et légumes. Vous serez amené à encadrer des stagiaires et des doctorants. Vous aurez à votre disposition les nombreuses ressources analytiques mutualisées de l’unité et les approches -omiques seront développées en collaborations (par exemple avec des chercheurs en écologie microbienne du département MICA, avec le CIRAD et dans le cadre du métaprogramme Holoflux – https://holoflux.hub.inrae.fr/).

Vous bénéficierez du soutien financier et du partenariat des projets en cours. Progressivement, pour pérenniser la viabilité de vos recherches, vous contribuerez au montage d’autres projets de recherche dans le cadre de futurs appels à projets nationaux (ex. ANR) et internationaux (ex. Horizon Europe). Enfin, en tant que nouveau.elle chercheur.e vous serez éligible pour des aides financières d’INRAE.

Le poste de chargé de recherche nécessitera de travailler en zone à régime restreint (ZRR) nécessitant une demande d’autorisation d’accès et vous serez amené.e à manipuler des bactéries pathogènes de classe 2.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d’un doctorat (ou équivalent).

Vous possédez une solide formation en écologie microbienne et en analyse systémique des communautés complexes, avec des compétences sur les approches en métagénomique, traitements bioinformatique et biostatistiques des données. Des connaissances sur la microbiologie des flores et des procédés alimentaires seraient des atouts supplémentaires.

Une bonne maîtrise de l’anglais et une expérience professionnelle internationale significative sont fortement recommandées pour ce poste. Les lauréat-e-s qui n’auraient pas cette expérience devront réaliser un séjour postdoctoral à l’étranger après leur recrutement.

Découvrez votre futur poste en vidéo !

Votre qualité de vie à INRAE

En Rejoignant INRAE, Vous Bénéficiez

• de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

• Je télécharge le guide Guide des candidats CRCN 2025 pdf – 3.72 MB
• Je note le numéro du profil CR-2025-MICA-2
• Je m’inscris Inscription

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr